國家工程研究中心是國家創新體系的重要組成部分,是由國家發展和改革委員會根據建設創新型國家和產業結構優化升級的重大戰略需求，以提高自主創新能力、增強產業核心競爭能力和發展后勁為目標，組織具有較強研究開發和綜合實力的高校、科研機構和企業等建設的研究開發實體。截至2019年2月，我院共有國家工程研究中心11家。  
　　序號
　　國家工程研究中心名稱
　　依托單位
　　1
　　機器人技術國家工程研究中心
　　沈陽自動化研究所
　　2
　　高檔數控國家工程研究中心
　　沈陽計算技術研究所
　　3
　　精細石油化工中間體國家工程研究中心
　　蘭州化學物理研究所
　　4
　　膜技術國家工程研究中心
　　大連化學物理研究所
　　5
　　工程塑料國家工程研究中心
　　海爾科化工程塑料國家工程研究中心有限公司
　　6
　　基礎軟件國家工程研究中心
　　軟件研究所
　　7
　　信息安全共性技術國家工程研究中心
　　信工所
　　8
　　光電子器件國家工程研究中心
　　半導體研究所
　　9
　　高性能均質合金國家工程研究中心
　　金屬研究所
　　10
　　手性藥物國家工程研究中心
　　成都有機化學有限公司
　　11
　　燃料電池及氫源技術國家工程研究中心
　　大連化學物理研究所